Pokédex 3D é uma aplicação totalmente gratuita para a Nintendo 3DS que pode ser obtida pelo eShop. Para ter a Pokédex 3D basta ter ligação via Wi-Fi à Nintendo 3DS e descarregar gratuitamente a aplicação.
Nesta aplicação poderemos ver os dados completos de cada Pokémon da 5ª Geração, podemos ver os seus ataques, evoluções, descrição, etc. A Pokédex 3D já vem com 16 Pokémon (Snivy, Servine, Serperior, Tepig, Pignite, Emboar, Oshawott, Dewott, Samurott, Audino, Scraggy, Minccino, Emolga, Foongus, Axew e Hydreigon). Há várias maneiras de receber outros Pokémon (via SpotPass, trocando dados ou por AR Codes).

Obter Pokémon por via SpotPass é a maneira mais comum de se ganhar mais Pokémon, basta estarem ligados a uma rede Wi-Fi a vossa Nintendo 3DS e em cada dia recebem 3 novos Pokémon. Para obter os Pokémon têm que fechar a consola (sem a desligar) e esperar uns segundos, depois abrem-na e clicam na mensagem que vos há de aparecer e obtém um novo Pokémon, voltem a fechar a consola (sem a desligar) e esperem novamente alguns segundos e abram-na cliquem na mensagem e receberam mais 2 novos Pokémon. Se quiserem obter mais probabilidades de vos calhar um certo Pokémon usem o AR Code correspondente ao mesmo. Vou-vos deixar um Spoiler no final na análise com os AR Codes correspondentes a cada Pokémon! Também podem trocar dados com um amigo vosso que também tenha o Pokédex 3D, por exemplo, o vosso amigo têm os dados do Karrablast e vocês têm os dados do Shelmet, vocês podem trocar os dados um com o outro e assim ficam com os dados dos dois. Uma das vantagens de ter o Pokédex 3D é que podem usar a câmara da Nintendo 3DS para "brincarem" com os Pokémon. Para fazer isto terão que imprimir o AR Code do Pokémon e pô-lo numa superfície plana (mesa por exemplo) depois de aparecer o Pokémon, aumentaram as probabilidades de esse Pokémon vos calhar no SpotPass, também poderão dar-lhes comida para eles fazerem um ataque característico.